惠比斯支線：忍法五十條
在木葉村門口惠比斯處接受任務，完成「忍法五十條」手賬中的任意15條，前期不用刻意去做，在做其他支線的同時就能完成得七七八八了。
| 編號 | 任務 | 完成方法 |
| No.1~No.4 | 走1000/5000/10000/30000步 | 走路即可。 |
| No.5~No.6 | 破壞5/30個木箱 | 按○打破木箱。 |
| No.7~No.8 | 破壞5/30個陶壺 | 同上。 |
| No.9~No.10 | 觸碰5/15次招牌 | 建議在雷之國做，雷之國進去後左邊樓梯建築物那裡有一個招牌，觸碰後可以繼續前進，雷影辦公室大樓門口有木箱和陶罐還有枯木，在這個地圖來回走可以快速刷完No.5~10以及後面的15、16號任務。 |
| No.11~No.12 | 觸碰5/15次傳單 | 阿凱所在的橋頭信箱邊有傳單，可以反覆刷。 |
| No.13~No.14 | 觸碰5/15次招牌 | 島龜地圖較多。 |
| No.15~No.16 | 觸碰5/15次枯木 | 詳見No.9~No.10。 |
| No.17~No.18 | 調查5/15次蘑菇 | 島龜地圖較多。 |
| No.19~No.22 | 幫助他人1/5/10/27次 | 完成所有助人事件（頭頂綠色捲軸圖標的）。 |
| No.23~No.25 | 完成突發事件戰鬥篇1/5/15次 | 在地圖上移動時有時會突然跳出頭上帶嘆號、全身光效的NPC，與其對話即可觸發任務，與其戰鬥即可。 |
| No.26~No.28 | 完成突發事件請求篇1/5/15次 | 在地圖上移動時有時會突然跳出頭上帶嘆號、全身光效的NPC，與其對話即可觸發任務，請求篇基本是找玩家要一些道具，給他即可。 |
| No.29~No.31 | 完成突發事件思念體篇1/5/15次 | 思念體要「疾風的軌跡」主線通關後才會出現，在武士橋、終結之谷、宇智波根據地之類人煙稀少的地方才會刷新，刷新幾率較低。刷出來後與其戰鬥即可。 |
| No.32~No.34 | 完成突發事件強思念體篇1/5/10次 | 同上。 |
| No.35~No.38 | 收集5/15/30/54個回憶碎片 | 地圖上有標識，很好找。 |
| No.39~No.41 | 在回憶碎片戰鬥中取得5/10/20次S評價 | S評價最關鍵的就是剩餘血量，但與劇情模式不同，冒險模式是可以用道具的，除了個別關卡，刷起來還算容易。 |
| No.42~No.47 | 在忍界武鬥會中達成所有 | 不是奧義終結就是覺醒狀態終結，打的時候注意下即可。 |
| No.48~No.50 | 找到1/5/10個使用隱身之術的忍者 | 聲音開大，聽到木板噠噠噠的聲音就代表周圍有隱身術陶罐，陶罐蓋子在跳的裡面就有隱身術忍者，建議去大蛇丸根據地、宇智波根據地這些罐子多的地方速刷。 |
阿凱支線：熱血網絡
與中央街道大橋的阿凱對話接受任務，完成分佈在各個地圖的10場「熱血對決」。敵人共10個等級，每升1級攻防各提升10%，5級以後就比較難打了，在各忍村的餐館可以買到暫時提升能力的便當(便當同時只能生效一個)，吃一樂拉麵可以在下三場戰鬥中提升玩家的攻防屬性，另外可以從各地道具店買一些強力忍具應戰。
角色可以自由選擇，挑順手的即可，但不論什麼角色均推薦使用遠程奧義(比如卡卡西的雷切‧迅)，遊戲AI較低，遠程奧義容易命中，面對攻防大幅強化的敵人也有更多的猥瑣空間。
| 地圖 | 等級 | 對手 |
| 木葉村 | 1 | 伊魯卡+木葉丸 |
| 砂隱村 | 2 | 勘九郎+手鞠 |
| 波之國 | 3 | 天天+井野 |
| 島龜 | 4 | 小李+牙+丁次 |
| 木葉之森 | 5 | 大和+佐井+志乃 |
| 死亡森林 | 6 | 三船+達魯伊 |
| 雲隱村 | 7 | 雷影+奇拉比 |
| 宇智波的根據地 | 8 | 水月+香磷+重吾 |
| 雨隱村 | 9 | 綱手+水影+土影 |
| 終結之谷 | 10 | 小櫻+雛田 |
奇拉比支線：收回回憶之旅
完成我愛羅主線後解鎖，在木葉住宅區空地與八尾人柱力奇拉比對話領取支線，收集所有回憶碎片，一共54個，「疾風的軌跡」主線任務會解鎖一部分，剩下的需要在世界各地收集。哪個場景有回憶碎片在地圖選擇界面有提示。
木葉丸支線：木葉升起
完成波之國主線後解鎖。在木葉住宅區的公園與孩子們對話領取支線，劇情戰伊魯卡VS木葉丸(攻防+10%)。勝利後在殺人蜂旁邊找到木葉丸，再次對戰(對手攻防+10%)支線完成，非常簡單。
伊魯卡支線：世代交替之浪
完成木葉丸支線並找回綱手後解鎖。與住宅區公園的伊魯卡對話觸發戰鬥，鳴人VS伊魯卡（對手攻防+20%），戰勝後任務完成。
油女志乃支線：教師道
完成伊魯卡支線後解鎖。在住宅區東側與志乃對話開啟任務，之後去住宅區公園找伊魯卡，接著要找到用隱身之術藏起來的孩子，按提示找到兩個後，第三個孩子需要答對暗號，回去找小雪對話，再去墓地找到暗號，答案是64，之後任務完成。
綱手支線1：欠款公主
主線任務找回綱手後可接。在木葉村與綱手對話，收集10個金手裡劍、20個銀苦無、30個銅捲軸交給她即可完成，獲得「五大村刻印苦無」。
綱手支線2：忍界武鬥會
完成綱手支線1後，在自由行動時有幾率接到綱手的飛鴿傳書，她在中忍考試會場等你。去會場找綱手接受任務，武鬥會從D級到S+一共6個等級，可以自由選角參加，模式是淘汰賽，每場戰鬥後消耗的血量不會回覆，但道具會補滿，另外達成每場戰鬥的特殊條件可以順帶完成「忍法五十條」裡的挑戰。只要打通最低的D級即可完成任務。
花火支線：最喜歡的姐姐
在木葉村的主幹道上可以找到花火（地圖上不會有任務提示，一般藏在電線杆或箱子後），對話後她會逃跑，連續找到三次，花火會出現在火影室大門前，與其對話可以接到支線並觸發戰鬥，鳴人VS花火（攻擊會削減我方查克拉），第一戰勝利後花火不滿意，我們還要讓步後再打一次。第二戰增加了無法使用忍術的附加條件，勝利後呆萌妹妹依然不滿意，再打一次，條件變為無法使用奧義但忍術不限制，勝利後任務完成。
佐井支線：天使與惡魔們
與佐井對話接受委託即可進入回憶，經歷兩場戰鬥，鳴人VS佐助(無法使用奧義)，鳴人VS丁次(對手攻擊力+15%、防禦力+10%)後支線完成，又一個很簡單的任務。
